Le Musée des Tatras, placé sous le patronage du docteur Tytus Chałubiński, est l’un des plus anciens musées régionaux en Pologne. Son instauration trouve sa source dans la réalisation de deux idées nées de l’esprit positiviste : célébrer les mérites scientifiques et sociaux de Tytus Chałubiński et en même temps vulgariser les acquis du savoir sur les Tatras et la fascination romantique pour les Tatras. Dans les années quatre-vingts du 19e siècle, l’idée de la fondation d’un vrai musée, en hommage au docteur Tytus Chałubiński, naquit parmi ses amis et admirateurs.
Initiateur de la fondation du Musée, Adolf Scholtze, industriel de Varsovie, chimiste de formation et naturaliste par passion, entreprit d’organiser l’établissement dès 1886. Parmi ses amis médecins et naturalistes, il rassembla un groupe d'habitués de Zakopane, intéressés par ce qui se passait au pied du mont Giewont, et les persuada de financer la construction du Musée et l’achat d'une collection de faune naturelle complète, celle d’Antoni Kocjan, alors forestier à Zuberec. Durant l'été 1888, Kocjan apporta ses collections à Zakopane. La première collection achetée pour le Musée comprenait 351 oiseaux, 54 mammifères, une dizaine de nids et d’œufs et aussi des squelettes de poissons et de batraciens. A la même époque, Adolf Scholtze et le naturaliste Antoni Ślósarski arrivèrent à Zakopane et apportèrent un don de Tytus Chałubiński : sa collection de mousses des Tatras, son herbier des plantes vasculaires et quelques dizaines de minéraux.
Le Musée s’ouvrit au public en juillet 1889. Dans les petites pièces de la maison de Krzeptowski (qui n'existe plus aujourd'hui), dans la rue Krupówki, furent exposées les collections d'histoire naturelle de Kocjan et de Chałubiński ainsi qu’une assez large collection géologique des Tatras et un herbier réunissant environ 900 espèces de plantes. La première collection ethnographique comprenait 57 objets des alentours de Czorsztyn, offerts par Stanisław Drohojowski. En complément, il y avait 279 livres et cartes, germe de la future bibliothèque.
Le premier bâtiment dont le Musée était propriétaire fut érigé en 1892. Il constitua un mélange de style suisse, très en vogue alors à Zakopane et dans d’autres stations climatiques, et de motifs du Podhale et en 1894 on rajouta une tourelle météorologique en style de Zakopane.
En 1906, Stanisław Witkiewicz écrivait dans son essai Po latach [Après des années] que, jusqu'alors, l'activité du Musée s'appuyait sur le travail désintéressé de particuliers. Il appréciait le rôle du Musée pour la culture et proposait la construction d'un nouveau bâtiment, tout en esquissant une vision du Musée dans son nouveau siège comme institution scientifique à l'épanouissement rapide, dont l'existence et le développement devraient être assurés par les autorités nationales. Witkiewicz n'était pas seul à défendre ces convictions. D'autres membres de l'Association du Musée des Tatras les partageaient, et c'est probablement pour cette raison que le Conseil de l'Association, hésitant jusque-là, décida de commander le projet d'un nouveau siège.
On demanda à Stanisław Witkiewicz de faire un projet de façade "en style de construction local" et on chargea l'architecte Eugeniusz Wesołowski d'en établir le projet technique et le devis. En août 1908, le projet fut prêt, mais le coût élevé de la construction entraîna son ajournement jusqu'au moment où les fonds seraient trouvés.