Ze stylową architekturą zharmonizowane były stylowo urządzone wnętrza. Większość elementów wyposażenia nawiązywało kształtem, konstrukcją lub zdobieniami do sprzętów i przedmiotów podhalańskich – meble, piece kaflowe i „kamyczkowe”, karnisze, zasłony, ramy obrazów, a nawet klamki i szyldziki zamków. Niemniej w architekturze „Koliby” i jej dekoracji zauważyć można wypływy stylu szwajcarskiego najwyraźniej widoczne w zastosowaniu detali ozdobnych wycinanych w desce, wykorzystane m.in. w balustradzie werandy i balkonu (dziś już nie istniejące), pas ornamentalny pomiędzy kondygnacjami. W ogóle pewien nadmiar dekoracji bliższy był stylowi szwajcarskiemu niż podhalańskiej sztuce ludowej.

W 1901 roku Zygmunt Gnatowski dobudował od strony zachodniej dodatkowe skrzydło, które zniweczyło pierwotny zamysł artystyczny Witkiewicza. Autorem projektu rozbudowy był najprawdopodobniej Tadeusz Prauss. Tym niemniej architektura dobudowanego skrzydła – także w stylu zakopiańskim – stanowiła nawiązanie do istniejącej części.

Po śmierci Gnatowskiego w 1906 roku, „Koliba” kilkakrotnie zmieniała właściciela, nie remontowana ulegała z biegiem lat coraz większemu zniszczeniu. W roku 1935, w związku z zadłużeniem ostatniego właściciela, sprzedana została na licytacji Kolejowemu Przysposobieniu Wojskowemu. Nowy właściciel zamierzał urządzić w budynku dom wczasowy dla swoich członków. Natychmiast przystąpiono do remontu i adaptacji budynku wg proj. arch. Stefana Meyera. Podczas przebudowy (1935–1936) zniszczono większość stylowych pieców, unikatowe podłogi w salonie i pokoju Gnatowskiego, a także pierwotny wystrój elewacji. Wśród elementów dekoracyjnych pojawiły się zdobienia charakterystyczne dla sztuki dekoracyjnej (art déco), tj. w stylu kryształkowym – m.in. balustrada schodów i boazeria na poddaszu.

Budynek szczęśliwie przetrwał okupację, podczas której stanowił siedzibę Hitlerjugent. Znaczna dewastacja budynku nastąpiła w okresie powojennym, kiedy był on użytkowany początkowo jako zaplecze np. obozów harcerskich (1946), potem jako dom wczasowy (1946–1954), a później sierociniec (1954–1981).

W latach 1984–1993 Muzeum Tatrzańskie przeprowadziło remont konserwatorski willi, którego celem było przywrócenie wystroju elewacji i wnętrz z 1901 roku. Z wyjątkiem znacznie przebudowanej w latach 1935–1936 elewacji północnej, było to możliwe. Wokół obiektu odtworzono alejki spacerowe oraz ogrodzenie wg pierwotnej formy. Prace konserwatorskie ułatwiły ‑ zachowane dzięki zapisowi Gnatowskiego na rzecz TMT ‑ liczne zdjęcia archiwalne przechowywane w Archiwum Muzeum Tatrzańskiego.

Po ukończeniu remontu, w „Kolibie” urządzono Muzeum Stylu Zakopiańskiego im. Stanisława Witkiewicza, które zostało otwarte 4 grudnia 1993 roku. W najstarszej części willi ukazano typowe wnętrza w stylu zakopiańskim, a więc jadalnię (tzw. „izbę góralską”), salon, sypialnię, gabinet (pokój Gnatowskiego) oraz pokój gościnny (pokój służącego). W „izbie góralskiej” pokazano ponadto kolekcję etnograficzną Zygmunta Gnatowskiego, która wróciła tu po stu latach. Autorem aranżacji wnętrz muzealnych jest Władysław Hasior, jeden z najwybitniejszych współczesnych plastyków polskich. W skrzydle zachodnim na parterze zorganizowano ekspozycję poświęconą historii stylu zakopiańskiego oraz jego twórcy, Stanisławowi Witkiewiczowi.

Początkowo przekornym uzupełnieniem była na poddaszu skrzydła zachodniego wystawa portretów autorstwa Stanisława Ignacego Witkiewicza (Witkacego), syna twórcy stylu zakopiańskiego, z którym bywa on często utożsamiany. Obecnie prezentowane są tu karykatury autorstwa Kazimierza Sichulskiego.