Równolegle do działalności typowo muzealnej, Juliusz Zborowski starał się włączyć Muzeum Tatrzańskie w działalność dotyczącą ochrony przyrody oraz ochrony zabytków. Muzeum współpracowało z różnymi organizacjami i instytucjami jak: Państwowa Rada Ochrony Przyrody, Polskie Towarzystwo Tatrzańskie, Sekcja Ochrony Tatr, konserwator zabytków okręgu krakowskiego. Dużą wagę przywiązywał Juliusz Zborowski do systematycznego powiększania zbiorów biblioteki. Bibliofil z zamiłowania, sam prowadził bibliotekę i zdołał zgromadzić cenne zbiory. Już w latach dwudziestych rozpoczął działalność wydawniczą. Pierwszą publikacją wydaną przez Muzeum był Rocznik Podhalański, którego kolejne tomy ukazały się dopiero po II wojnie. W latach międzywojennych w Muzeum miała swoją siedzibę stacja meteorologiczna, a obok mieściło się alpinarium, nad którym Muzeum sprawowało pieczę. Po wojnie placówki te znalazły się w gestii innych instytucji.

Okres II wojny światowej Muzeum Tatrzańskie szczęśliwie przetrwało bez większych strat, a po wojnie, w roku 1950, zostało upaństwowione. Dzięki większej ilości etatów i stabilizacji finansowej można było rozpocząć systematyczne badania terenowe i opracowywanie zbiorów. Mógł również powstać trzeci dział kolekcjonerski – artystyczno-historyczny oraz pracownia konserwatorska. Powstanie w 1954 r. Tatrzańskiego Parku Narodowego zredukowało rolę Muzeum w zakresie działań na rzecz ochrony przyrody. Nadal jednak rozwijała się działalność konserwatorska. Juliusz Zborowski współpracował z ówczesnym konserwatorem zabytków. Dzięki tej współpracy otwarto dwie filie muzealne: jedną, prezentującą zbiory etnograficzne Szymańskich, drugą, pamiątki po znanym pisarzu Kornelu Makuszyńskim.

Juliusz Zborowski kierował Muzeum Tatrzańskim do roku 1965. Jako pierwszy dyrektor Muzeum stworzył spójny i konsekwentnie realizowany program rozwoju kierowanej przez siebie placówki. W następnych latach Muzeum systematycznie powiększało się o nowe oddziały. W latach siedemdziesiątych, w okresie zarządzania Muzeum przez Tadeusza Szczepanka, powstał dział ochrony zabytków, zajmujący się remontami zabytkowych obiektów, położonych na terenie działalności statutowej Muzeum.

Od roku 1991 Muzeum, kierowane przez Teresę Jabłońską, kontynuuje zasadnicze kierunki swej działalności. W roku 1993 została otwarta nowa filia – Muzeum Stylu Zakopiańskiego im. Stanisława Witkiewcza w willi „Koliba”. Koniec XX i początek XXI wieku to, obok codziennej pracy muzealnej, realizacja dużych wystaw własnych oraz wystaw będących wynikiem współpracy z innymi muzeami jak: Muzeum Narodowe w Krakowie, Muzeum Narodowe w Warszawie.