L’idea della fondazione del Museo dei Tatra nacque nel 1888 all’interno del gruppo di amici di Tytus Chałubiński (1820-1889), i quali desiderarono onorare i suoi meriti inerenti alle proprietà curative di Zakopane scoperte da questo eccellente medico proveniente di Varsavia, scienziato e attivista, profondo amante dei monti Tatra e della cultura montanara. Per realizzare questo progetto, i fondatori diedero vita alla Società del Museo dei Tatra intitolato al dott. Tytus Chałubiński. Uno dei compiti di questa società consisteva nella ricerca dei fondi, delle modalità di allestimento e sviluppo del museo. Le prime collezioni, tra cui quella botanica, geologica, zoologica ed etnografica nonché il nucleo della biblioteca vennero acquisite mediante donazioni e acquisti di intere raccolte da parte di collezionisti privati. La prima esposizione ebbe sede in una casa, oggi inesistente, in via Krupówki, affittata dalla Società. Negli anni ’80 del ‘800 fu avviata la sistemazione delle prime raccolte di artigianato e arte popolare. Gli oggetti etnografici, raccolti in intere collezioni in quel periodo da Róża dei Potocki contessa Raczyńska, Maria e Bronisław Dembowski, Zygmunt Gnatowski, trovarono successivamente posto nel Museo dei Tatra.
Nel 1892 la Società del Museo dei Tatra passò alla costruzione della propria sede, cosa che fu possibile grazie alla donazione degli eredi del Dottore Tytus Chałubiński, i quali offrirono alla Società un lotto di terreno edificabile.L’autore del progetto fu Józef Pius Dziekoński, architetto di Varsavia. Nello stesso anno le collezioni vennero trasferite al nuovo edificio. Gli ultimi anni del ‘800 e l’inizio del ‘900 furono un periodo di scarsa attività della Società nella sfera organizzativa del museo, come testimoniato dalla mancanza di articoli o notizie sui giornali.
Nel 1900 apparvero voci di critica nei confronti del Museo. Esse vertevano soprattutto sul settore etnografico, in cui la raccolta degli oggetti appariva casuale e lasciava intendere l’assenza di una concezione a monte della loro esposizione. Precedentemente alla prima Guerra Mondiale ci fu un superamento del periodo di stagnazione e la Società realizzò operazioni orientate in due direzioni: la raccolta, mediante donazioni e lasciti testamentari, dei mezzi finanziari per la costruzione dell’edificio in muratura del museo nonché l’ampliamento delle collezioni del museo. Grazie alla generosità di Zygmunt Gnatowski, Presidente della Società, di Bronisława e Kazimierz Dłuski, i mezzi destinati al nuovo edificio continuavano ad affluire. Intanto erano in corso i lavori di progettazione della nuova sede. Nel 1911 la Società approvò la realizzazione del progetto ideato da Franciszek Mączyński, architetto professionista. Il suo progetto incontrò l’acuta critica di Stanisław Witkiewicz, ideatore dello stile Zakopane, il quale avrebbe dovuto dare la propria opinione in merito. In conseguenza a tale fatto il progetto tecnico del palazzo in stile Zakopane ideato da Stanisław Witkiewicz fu elaborato da Stanisław Mączyński.
La costruzione della nuova sede fu avviata nel 1913, tuttavia lo scoppio della prima Guerra Mondiale interruppe i lavori intrapresi. Terminate le operazioni belliche la Società, malgrado la situazione precaria in cui versasse il Paese, diede seguito alla costruzione e la condusse al punto in cui, nel 1920, fu possibile trasferirvi le collezioni. Nel 1920 il Presidente della Società del Museo dei Tatra divenne Juliusz Zborowski, linguista, professore del ginnasio di Nowy Targ, conoscitore della cultura popolare del Podhale, che l’anno seguente ricoprì la carica di Direttore del Museo e curatore del settore etnografico.
Nel 1922 il Museo entrò in possesso della più grande collezione etnografica, che contava quasi 400 oggetti offerti da Maria Dembowska. Stando al desiderio dei donatori, la collezione avrebbe dovuto essere collocata in una casa montanara. Questa condizione, considerata la carenza dei mezzi finanziari, fu realizzata in modo parziale e nella sala al pianterreno fu eseguito un modello delle stanze “nera” e “bianca” separate da un atrio in scala 1:1. In questa inusuale “vetrina” la raccolta fu resa accessibile ai visitatori.
La solenne inaugurazione del Museo dei Tatra ebbe luogo nell’estate del 1922. Nella nuova sede i visitatori potevano osservare due esposizioni: quella etnografica al pianterreno e quella naturalistica al primo piano. Seguirono inoltre dei cambiamenti di tipo organizzativo, poiché il Consiglio della Società che fino ad allora si era occupato del Museo, trasmise una parte delle competenze alla direzione. Fu convocato il cosiddetto Curatorium con funzione di consiglio scientifico. Ebbe inizio anche un periodo di stabilizzazione della situazione finanziaria del Museo in quanto, successivamente al recupero dell’indipendenza da parte della Polonia, il museo poteva contare sulla cura del Dipartimento della Scienza e sui sussidi statali. La concezione, nata prima ancora della guerra, di fondare nell’ambito del Museo una stazione scientifica, un centro scientifico destinato a ricerche di diversa natura incentrate sui Tatra e sul Podhale, subì una sostanziale revisione. Ricerche di questo genere furono intraprese da altri centri scientifici in Polonia, ma il Museo prese parte attiva ad esse fornendo un’accoglienza sul posto. Grazie al “Grand Hotel del Museo dei Tatra” – nome scherzoso con cui si volevano designare le camere affittate – il Museo divenne un vero centro di ricerca sui monti Tatra e sulla regione del Podhale. Gli anni tra le due guerre furono un periodo di intensa attività dell’istituzione diretta da Juliusz Zborowski. Malgrado le difficoltà economiche che si trovava a fronteggiare, il Museo riuscì ad ampliare notevolmente le esposizioni. Verso la fine degli anni ’20 Juliusz Zborowski pensò di creare tre nuovi settori: dell’arte moderna, dell’artigianato artistico e della storia del Podhale. I suoi piani furono in parte realizzati solo dopo la II Guerra Mondiale.
Parallelamente ad un’attività tipicamente museale, Juliusz Zborowski, cercava di inserire il Museo dei Tatra nelle iniziative riguardanti la salvaguardia della natura e la tutela degli oggetti storici. Il Museo collaborò con molte organizzazioni, fra le quali: il Consiglio Nazionale della Salvaguardia della Natura, la Società Polacca dei Monti Tatra, la Sezione della Tutela dei Tatra, conservatore degli oggetti storici del distretto di Cracovia. Zborowski ripose una sensibile attenzione all’ingrandimento sistematico delle raccolte bibliotecarie. In quanto appassionato bibliofilo, egli gestiva da solo la biblioteca e riuscì a raccogliere preziose collezioni. Già negli anni ’20 intraprese l’attività di editore. La prima pubblicazione del Museo fu l’Annuale del Podhale i cui successivi volumi apparvero soltanto dopo la II Guerra. Negli anni interbellici il Museo accolse la sede della stazione meteorologica; accanto ad esso fu collocato l’alpinarium gestito dallo stesso Museo. Dopo la guerra le due istituzioni passarono alla gestione di altri enti.
Durante la II Guerra Mondiale il Museo dei Tatra restò pressoché incolume e dopo la cessazione delle operazioni belliche, nel 1950, il Museo fu nazionalizzato. Grazie al numero più consistente di posti da assegnare ai dipendenti e alla stabilizzazione finanziaria poterono essere intraprese ricerche sistematiche sul territorio, che portarono all’elaborazione delle raccolte. Fu possibile la formazione di un terzo settore di tipo storico-artistico e quella del laboratorio di conservazione. La fondazione del Parco Nazionale dei Monti Tatra nel 1954 ridusse il ruolo del Museo nell’ambito delle azioni mirate alla salvaguardia della natura. Seguitava tuttavia l’attività della conservazione e Juliusz Zborowski instaurò una collaborazione con il conservatore degli oggetti storici all’epoca. Grazie a tale cooperazione furono aperte due filiali museali: una che presentasse la raccolta etnografica degli Szymański ed una che esponesse i cimeli appartenuti al noto scrittore Kornel Makuszyński.
Juliusz Zborowski fu direttore del Museo dei Tatra fino al 1965. Egli per primo ideò un programma coerente e sistematicamente realizzato in funzione dello sviluppo dell’istituzione. Negli anni seguenti il Museo acquistò nuovi settori. Negli anni ’70, al tempo della direzione di Tadeusz Szczepanek, fu creato il settore per la tutela degli oggetti d’arte impegnato in lavori di restauro delle costruzioni situate nel territorio sottoposto all’attività statutaria del Museo.
Dal 1991 il Museo è diretto da Teresa Jabłońska e prosegue le linee fondamentali della propria attività. Nel 1993 è stata inaugurata una nuova filiale: il Museo dello Stile Zakopane intitolato a Stanisław Witkiewicz presso la Villa Koliba. Il periodo a cavallo dei secoli XX e XXI, oltre che il lavoro quotidiano del museo, vede la realizzazione di grandi mostre proprie e di mostre - frutto della collaborazione con altri musei, come il Museo Nazionale di Cracovia e il Museo Nazionale di Varsavia.