Le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale mit fin à la stabilisation créative et matérielle de l'écrivain. L'appartement des Makuszyński à Varsovie, rempli d'œuvres d'art, fut gravement endommagé au cours d’un bombardement en septembre 1939 et pendant l'Insurrection de Varsovie. Après un certain temps passé dans le camp de transit de Pruszków, les Makuszyński arrivèrent à Zakopane et s'installèrent au premier étage de la villa Opolanka. Makuszyński ne se sentait pas bien dans la nouvelle réalité polonaise (seuls deux nouveaux livres sortirent dans les années quarante), mais il continua à participer à la vie culturelle de Zakopane et consacra beaucoup de temps et de cœur aux rencontres avec les enfants. Il mourut le 31 juillet 1953 et fut enterré au cimetière des personnes de grand mérite à Zakopane. Sa tombe est constamment décorée de fleurs et de badges d'écoles, ce qui témoigne de la mémoire que lui gardent les générations de jeunes lecteurs fidèles.

Le Musée de la villa Opolanka se compose des quatre pièces de l'ancien appartement des Makuszyński. Les collections abritent les éditions successives de livres de l'écrivain, les études historiques et littéraires sur son oeuvre et des mémoires. Les archives de l'écrivain ne contiennent pas uniquement les manuscrits de Makuszyński lui-même mais aussi une riche collection de lettres écrites par de grands écrivains, peintres, musiciens, gens de théâtre, savants, politiciens ainsi que la correspondance abondante avec les lecteurs. Les archives sont complétées par des coupures de presse et des photos.

Parmi les œuvres d'art exposées dans l'appartement, on trouve des tableaux et des sculptures de grands artistes polonais (tableaux de Julian Fałat, Włodzimierz Jarocki, Fryderyk Pautsch, Kazimierz Sichulski, Władysław Skoczylas, Stanisław Wyspiański; sculptures de Konstanty Laszczka, Henryk Kuna), les projets d'illustrations de livres de Makuszyński, des meubles anciens, en style Biedermeier pour la plupart, des miniatures, des textiles artistiques anciens (tapis d'Orient, tapis de prière perse, paravent japonais), et de nombreuses œuvres d'art fonctionnel comme lampes, horloges, verrerie polonaise et française, porcelaine chinoise, anglaise, saxonne, Meissen.

L'ambiance des intérieurs de ce musée est définie avec justesse par l'historien de la littérature Jacek Kolbuszewski: "... la gaieté était une grande et importante composante de l'attitude de Makuszyński envers le monde et les gens, tant proches que plus éloignés. Sur la photo prise par Schabenbeck, exposée dans le couloir de son musée, Makuszyński a l'air très sérieux. Mais la gaieté jaillit de ses yeux et il a un sourire au bout des lèvres. Ce sourire n'a pas été catalogué, mais lui aussi fait partie des archives de Kornel Makuszyński et de Son Musée. Qui ne le croit pas, qu'il le vérifie lui-même..."