Le département ethnographique, le plus ancien département du Musée des Tatras avec celui d’histoire naturelle, comprend plus de dix mille sept cent cinquante objets. Les premiers cinquante-deux objets, offerts par le comte Stanisław Drohojowski, propriétaire du domaine de Czorsztyn, trouvèrent leur place au Musée en 1889. Parmi ceux-ci se trouve une collection, inestimable aujourd'hui, de costumes de femme des alentours de Czorsztyn. Au fil des années, le Musée acquit progressivement les objets collectionnés par des enthousiastes de la culture du Podhale : la comtesse Róża Krasińska, Maria et Bronisław Dembowski et Zygmunt Gnatowski. Ces premiers collectionneurs, et plus tard aussi d'autres, membres de la Section de l'Etude des Peuples de l'Association des Tatras, acquéraient le plus souvent des objets rares et de qualité artistique. Ils achetaient volontiers des ustensiles ménagers et pastoraux décorés de bois sculpté, des peintures sur verre, des éléments de costumes traditionnels et de la céramique. Ils parcouraient le terrain à la charnière des 19e et 20e siècles et acquéraient des objets définis alors comme "très anciens". Les collections de la comtesse Róża Krasińska (1896), de Zygmunt Gnatowski (1906), des Dembowski (1922) et d'autres collectionneurs parvinrent successivement au Musée. Durant les années 1912-1914, les membres de la Section de l'Etude des Peuples de l'Association des Tatras enrichirent les collections ethnographiques du Musée par de nombreuses acquisitions précieuses. En 1913, Bronisław Piłsudski offrit au Musée cinquante-quatre objets, Józef Lesiecki en léga cent-quatre-vingts, Franciszek Prauss cent un. En 1920, le Musée acheta à Konstanty Stecki les collections d'artisanat artistique et de peintures sur verre. C'est grâce à ces collections que le Musée possède aujourd'hui des objets de grande valeur, inestimables pour les ethnologues et les chercheurs de l'art populaire du Podhale.
Après la nationalisation du Musée en 1949, des ethnographes professionnels furent engagés et les achats systématiques commencèrent pour compléter les collections. Au cours de l'après-guerre, on mit l'accent sur l'acquisition de peintures sur verre contemporaines, de sculpture populaire, d'artisanat, principalement en métal et en cuir, et de costumes contemporains du Podhale. En outre, on acheta des ustensiles d'agriculture, de transport et de ménage. Ces objets, souvent sans valeur artistique, sont indispensables pour illustrer l'exhaustivité de la culture matérielle des montagnards.
Les visiteurs du Musée n'ont accès qu'à une partie de collections ethnographiques, exposée en permanence dans l'édifice principal du Musée et présentant la culture populaire de la seconde moitié du 19e siècle jusqu'à aujourd'hui. Les antennes du Musée aux environs de Zakopane, à Łopuszna, Chochołów, Jurgów et Czarna Góra, présentent des expositions ethnographiques à l'intérieur de masures et de dépendances de la seconde moitié du 19e siècle et du début du 20e siècle.
Les objets des réserves du Musée sont souvent exposés en Pologne et à l'étranger. De nombreux travaux scientifiques s'appuient sur les collections muséales. Certaines des collections furent l’objet de recherches dans la période de l'entre-deux-guerres. Adolf Chybiński, musicologue connu, écrivit un travail scientifique sur les instruments musicaux du Podhale ; Włodzimierz Antoniewicz, archéologue éminent, étudia la collection d'épingles en métal ; grâce à la collection muséale de costumes, l'ethnographe Edyta Starek put, après la Seconde Guerre mondiale, faire une étude pour deux cahiers de Atlas polskich strojów ludowych [l'Atlas des costumes populaires polonais]: Strój orawski [le Costume d'Orawa] et Strój spiski [le Costume de Spisz].
Aujourd'hui, on continue à mettre les collections ethnographiques à la disposition de chercheurs polonais et étrangers. Depuis des années, on mène des études sur le costume du Podhale : notamment l'étude pionnière de Stanisława Trebunia-Staszel "Śladami podhalańskiej mody. Studium z zakresu historii stroju górali polskich" [En suivant les traces de la mode du Podhale. Etude sur l'histoire du costume des montagnards polonais].
En 1997, une grande exposition présenta la collection complète de peintures sur verre à la Galerie de Koziniec. A cette occasion fut édité le catalogue Obrazy na szkle XVIII-XIX w. w zbiorach Muzeum Tatrzańskiego im. Dra Tytusa Chałubińskiego [Peintures sur verre des 18e et 19e siècles dans les collections du Musée des Tatras]. En 2004, une grande partie des collections de peintures sur verre anciennes et contemporaines furent présentées à l'exposition "Tatras, une légende dorée polonaise. Collection du Musée de Zakopane" dans le cadre de la saison polonaise "Nova Polska 2004" au Musée d'Aquitaine à Bordeaux.
Les objets du département ethnographique sont une source d'inspiration pour les artistes et artisans polonais et servent de modèle aux scénographes et costumiers de films de fiction et de documentaires ayant les Tatras pour fond.